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故事由水无叶和长月弥生两位角色的观点展开：描述两人所遭遇的不可思议神秘事件，并由男主角水无叶负责解决。「火箭人」来自谜之组织的超级特工，自称为「R」，立志向宇宙进发，将自己从任务所得的报酬，用来制造火箭。自从少年水无叶遇上了「R」，开始对自己的身份疑惑，凭他从祖父学得技的医疗技术，便与「R」展开一连串的艰钜任务！